在这片海洋的东方尽头，据说存在着“龙宫”（ニライカナイ）。
东方市（アガリカタシ）——这是冲绳县内唯一没有警察机构的城市，而在这里，一个名为“大与座”（オオクミザ）的自卫团承担着维持治安的职责。表面上看，大与座只是一个普通的自卫团，但实际上，它是由早已灭亡的琉球王国后裔秘密组建的组织。
要想消灭被称为“魔物”（マジムン）的地方妖怪，必须依靠琉球民族中的“神人”（カミンチュ）的力量。这种被称为“龙力”（セヂ）的特殊能力是消灭魔物的唯一方法。也正因如此，日本政府特例允许琉球王国得以复兴。
大与座的首领，第三王朝的第三代琉球国王——月代一渡（つきしろいちと），在和平时期经营着一家名为“キジムナー”的海边咖啡馆，有时也会开着餐车外出营业。然而某天，他意外收留了一名自称“海咲”（みさき）的离家少女。海咲声称，她来到东方市是为了前往被称为“神之国”或“亡者之国”的龙宫。对于传说中的龙宫，即便是一国之主的一渡也并不相信其真实存在。
然而，与海咲的相遇成为了一渡人生的转折点。从龙宫的真假开始，他被卷入了一场关乎琉球王国存亡的重大事件。
秋天来到了马鞭草学园。 莉西亚无比幸福——这个夏天，她儿时暗恋的月终于成了她的男朋友。作为来自神界的公主，她初尝人间秋意，沉浸在这季节的忧郁之中。 随着爱情的绽放，莉西亚开始思考他们的未来。他们应该像人类一样，举行传统的一夫一妻制婚礼吗？还…
那是发生在禀与枫结合之后、某天假日的故事。 Primula以家人的身份再次住回芙蓉家。面对忧虑着某些问题的魔王与神族， 禀与枫、在两人面前对Primula的感情抑制进行了检查。然而在此途中、比预想之中要高出许多的Primula的魔力突然爆发…
照顾虽说是美少女却多少有些废柴（ポンコツ）的姐姐而遭到周围女学生们另眼相看的主人公「相生頼斗」。 据说听闻的传言，世界曾经一度经历过差点崩坏的危机，宛如将那份过去忘却般，平和的日常正在不断继续。 神族、魔族等异世界文化的交流不断进行，那样理…
克罗姆是神界情报局的特工，刚刚完成一项艰巨的潜入任务，突然被上司叫去执行一项新任务。得知任务与王室有关后，他心想这次会是什么危险的任务，听到任务内容后简直不敢相信自己的耳朵。 “啊？只是去上学……？” “没错。他们希望你以学生身份进入我刚才…
在那里，他们与两个少女相遇了， 历史也因此发生了巨变。 本来将会成为ネリネ的母亲的那位少女， 却因他们的到来未能达成她与魔王的誓约。 另一方面，本不会与魔王结成连理的少女，现在却有了可能。而ネリネ也被那个可能所深深影响。 怎么可能就这样回到…
十七岁的高中生——土见禀生活在一个有着两道门将神界和魔界与人间界连接的一个世界中，神族、魔族和人类快乐地和平共处。 在《SHUFFLE!》的设定中，神和魔并不是一般定义上的神或者魔的存在，而只是单纯地做为两个种族的名字。“神族”是一群有着稍…
