舞台处于近未来的日本。
被称为Automata的机器人逐渐普及，作为朋友、恋人或是劳动力，被人们所熟悉，融入了社会之中。
主人公“伊奈宗介”是一名Automata机修工，继承了父亲的店铺“伊奈motors”，作为店长度过了平静的生活。
一天，一名Automata的少女倒在了店前。
本来判断其为不想出废弃费用的主人的非法遗弃物并准备将其回收，却注意到少女是伪装成Automata的人类。
少女失去了双腿，没有安装义肢而装上了Automata的组件，倒下的少女就处于这样极其不可思议的状况之下。
伊奈宗介收留了神秘少女“枚方初音”，而被卷入了被称为“贩卖人口”的切断人类四肢贩卖的黑暗事件之中。
青梅竹马的警察“八云舞花”、青梅竹马的义肢师“京桥みこと”，与同伴一起追寻事件之时，又出现了以初音生命为目的的Automata，事态向着极度的混乱发展。
秋天来到了马鞭草学园。 莉西亚无比幸福——这个夏天，她儿时暗恋的月终于成了她的男朋友。作为来自神界的公主，她初尝人间秋意，沉浸在这季节的忧郁之中。 随着爱情的绽放，莉西亚开始思考他们的未来。他们应该像人类一样，举行传统的一夫一妻制婚礼吗？还…
那是发生在禀与枫结合之后、某天假日的故事。 Primula以家人的身份再次住回芙蓉家。面对忧虑着某些问题的魔王与神族， 禀与枫、在两人面前对Primula的感情抑制进行了检查。然而在此途中、比预想之中要高出许多的Primula的魔力突然爆发…
照顾虽说是美少女却多少有些废柴（ポンコツ）的姐姐而遭到周围女学生们另眼相看的主人公「相生頼斗」。 据说听闻的传言，世界曾经一度经历过差点崩坏的危机，宛如将那份过去忘却般，平和的日常正在不断继续。 神族、魔族等异世界文化的交流不断进行，那样理…
克罗姆是神界情报局的特工，刚刚完成一项艰巨的潜入任务，突然被上司叫去执行一项新任务。得知任务与王室有关后，他心想这次会是什么危险的任务，听到任务内容后简直不敢相信自己的耳朵。 “啊？只是去上学……？” “没错。他们希望你以学生身份进入我刚才…
在那里，他们与两个少女相遇了， 历史也因此发生了巨变。 本来将会成为ネリネ的母亲的那位少女， 却因他们的到来未能达成她与魔王的誓约。 另一方面，本不会与魔王结成连理的少女，现在却有了可能。而ネリネ也被那个可能所深深影响。 怎么可能就这样回到…
十七岁的高中生——土见禀生活在一个有着两道门将神界和魔界与人间界连接的一个世界中，神族、魔族和人类快乐地和平共处。 在《SHUFFLE!》的设定中，神和魔并不是一般定义上的神或者魔的存在，而只是单纯地做为两个种族的名字。“神族”是一群有着稍…
